Zalew Bagry to jeden z większych zbiorników wodnych położonych w granicach Krakowa. Brzegi zalewu porośnięte są szuwarem trzcinowym i pałkowym. Stwarza to dogodne warunki do gniazdowania ptaków wodnych. Ponadto zbiornik jest zarybiony, stąd bardzo często można tu spotkać wędkarzy. Z płazów notowano tu: traszkę zwyczajną, kumaka nizinnego, ropuchę szarą, rzekotkę drzewną, żabę jeziorkową, żabę trawną. Z gadów: jaszczurkę żyworódkę, zaskrońca. W otoczeniu zbiornika występują łąki o charakterze wilgotnym, m.in. obserwuje się tu krwiściąga. W okresie letnim Zalew Bagry wykorzystywany jest przez okolicznych mieszkańców jako kąpielisko. Dużym problemem są tu śmieci, które niejednokrotnie mogą powodować skażenie wody, oraz hałas (w okolicy znajduje się trakcja kolejowa).

W Studium Zagospodarowania Przestrzennego Miasta Krakowa zalew oraz większa część otaczającego go terenu zaliczone zostały do kategorii strefa kształtowania systemu przyrodniczego miasta, system zieleni i parków rzecznych, natomiast na południu, przy torach kolejowych, planowana jest zabudowa. W celu ochrony wartości przyrodniczych tego obszaru, w szczególności gnieżdżącego się tu ptactwa wodnego, wybrane strefy linii brzegowej i tafli zbiornika powinny zostać zabezpieczone przed penetracją. Ponadto obszar znacznie zyskałby na walorach krajobrazowych, gdyby udało się odizolować go od trakcji kolejowej poprzez, na przykład, nasadzenie drzew.