R - nowoczesne środowisko obliczeniowe

R to nowoczesny pakiet funkcji i pakietów służących do zaawansowanych obliczeń statystycznych. To także uniwersalny język programowania umożliwiający automatyzację i integrację wielu zadań obliczeniowych.

Tutaj znajdziesz garść informacji o R ale także o statystyce. Wybór jest całkowicie subiektywny ;)

"Me, myself and R"

Prowadziłem szkolenie z obsługi R w Instytucie Nauk o Środowisku (materiały tutaj) oraz szkolenie z obsługi MCMCglmm na Uniwersytecie w Uppsali i w Muzeum i Instytucie Zoologii PAN.

TUTAJ znajdziesz materiały ze szkolenia w Uppsali oraz dodatkowe zagadnienia dotyczące zaawansowanej obsługi R. Skrypt ten nie powstałby bez pomocy i udostępnienia materiałów przez Jarroda Hadfielda (częœć zaawansowana) oraz Johna Davey'a (częœć podstawowa). Wybaczcie błędy - skrypt jest wciąż w składzie i poprawkach :)

Przydatne linki

http://cran.r-project.org - na tej stronie znajdziesz najciekawsze książki, strony internetowe i inne materiały pozwalające poznać R i zacząć go stosować.

http://www.r-project.org/doc/bib/R-books.html - lista książeczek :)

Manual wykresów 3D - i nie tylko ;) Ale dla wykresów 3D - dobra synyeza 3 funkcji

http://www.statmethods.net/index.html - QuickR; rewelacyjny serwis/książka kucharska dla szukających szybkich recept na prostsze "rzeczy" w R.

http://addictedtor.free.fr/graphiques/thumbs.php?sort=votes - galeria ukazująca graficzne możliwości R + przykładowe kody.

http://apiolaza.net/asreml-r/ - dla pracujących w R-owym silniku ASREMLA - bardzo przydatna książka kucharska.

http://www.markirwin.net/stat149/lecture.html - bardzo dobry wykład o modelach mieszanych + przykłady w R.

http://rgm2.lab.nig.ac.jp/RGM2/ - jeśli wolisz obrazki - tutaj możesz przeszukiwać R-owe analizy graficznie.

Ważne prace

Hadfield, J. et al. 2010. The missuse of BLUPs in ecology and evolution. American Naturalist 175:116-25.

Kruuk L.E.B., Hadfield J. 2010. How to seperate genetic and environmental causes of similarity between realtives. Journal of Evolutionary Biology 20:1890-903.

Hadfield J., Nakagawa S. 2010. General quantitative genetic methods for comparative biology: Phylogenies, taxonomies and multi-trait models for continuous and categorical characters. Journal of Evolutionary Biology, 23: 494-508.

[Moje ulubione] Książki

Crawley M. The R Book. Wiley-Blackwell.

Zuur A.F., Ieno E.N., Meesters E. A beginner's guide to R. Springer.

Wickham H. ggplot2. Springer.

Biecek P. Analiza danych programem R. PWN. - Ostatnia książka P.Biecka - choć nie jest tak zasobna merytorycznie jak można by się spodziewać, rewelacyjnie systematyzuje wiedzę i zbiera wszystko co trzeba wiedzieć o modelach liniowych w jednym miejscu.

Moje zasoby

Materiały ze szkolenia w INoS UJ

Skrypt - materiały z INoS oraz Uppsala Uni (okładka powyżej) - plik zip TUTAJ

Errata do skryptu

Lista najniezbędniejszych funkcji

Materiały do skryptu "Introduction to R"

Zestawy danych - BASIC issues

Dane i pliki - ADVANCED issues

Uppsala - kompletne szkolenie